近年来主持省科技厅重点项目1项，省厅级项目3项，横向项目2项；国家科技部项目副主持项目1项，省科技厅重点项目1项，参与国家科技部项目1项，科技厅项目3项。主编著作1部，参编著作1部；以第1作者或通讯作者发表论文21多篇；主持鉴定水稻两系不育系1个，参与审定水稻新品种3个，获省科研进步奖三等奖1项，校科研进步奖二等2项。
•朱旭东，分子标记辅助改良广亲和恢复系稻瘟病抗性的研究，2013TP4036，省部级，2013-2014。
•朱旭东，分子标记辅助改良广亲和恢复系稻瘟病抗性的研究，省级教改一般项目，2013-2014。
•朱旭东，粳稻百亩示范，省农业技术推广总站，2015-2015.4。
•朱旭东，再生稻生产示范，省农业技术推广总站，2015-2015。
•朱旭东，K型细胞质雄性不育育性恢复基因的遗传和分子标记定位研究，07C361，省厅级，2007-2008。
•周清明，高产优质三系杂交中稻农香优676栽培技术集成与示范推广，2013GB2D200333，国家级，2013-2015。本人副主持。
•周清明，优质超高产籼粳亚种间杂交中晚稻新组合的选育，2012NK2011，省部级，2012-2014。本人副主持。
•朱旭东，水稻新组合选育与开发 12253 横向 2013-2017。
•朱旭东，杂交水稻新组合选育与开发 2018xny-js10 横向 2017-2022。
•朱旭东，种子科学与工程专业实习体系改革，校级教改一般项目，2013-2015。
•陈光辉，超级杂交稻的引种与示范，2007NK4031，省部级，2007-2009。
•严钦泉，广适型超级杂交晚稻新组合选育与示范，国家科技支撑计划一般项目，2007-2009。
•齐绍武，广东省优质稻品种资源的引进及其利用研究，06WD06，校级，2006-2008。
•陈光辉，杂交水稻垩白形成机理及优质稻选育技术研究，2006NK3113，省部级，2006-2008。
•李林，花生高产优质专用品种培育及高效繁种技术研究，2012NK3090，省部级，2012-2013。
•李林，花生渍涝影响机理及耐渍关键技术研究示范，2009BADA8B03-7，国家级，子课题，2010-2011。
•李灿凤(学),朱旭东(通讯作者),陈隆林(学),赵菊,周清明.杂交水稻亲本间遗传差异与杂种优势关系探讨。分子植物育种，网络首发论文,2019.11.
•李灿凤,陈锋,陈隆林,周清明,朱旭东,赵菊.水稻两系不育系15HS1特征特性的研究[J].农业科学, 2019, 9(7): 536-542.
•朱旭东, 周彬, 李文宇. 施氮量和种植密度互作对云烟87农艺性状和经济性状的影响[J]. 农业科学, 2018, 8(7): 781-787.
•裘烨;李灿凤;陈隆林;王才经;朱旭东(通讯作者). 利用Pi-k~h基因改良恢复系稻瘟病抗性[J]., -分子植物育种. 2019, 17(1)：119-124.
•Zhu, Xudong;Chen, Hao;Zhang, Yangjun.Combining Ability of Mineral Element Contents in Hybrid Rice[J].. INTERNATIONAL JOURNAL OF AGRICULTURE AND BIOLOGY 2018.5 (20)：1089-1096.
•朱旭东, 周彬, 李文宇. 施氮量和种植密度互作对云烟87农艺性状和经济性状的影响[J]. 农业科学, 2018, 008(007):P.781-787.
•李文宇, 贺刚, 廖衡斌, 朱旭东(通讯作者). 轮作方式和脚叶去留对烟草赤星病的影响研究[J]. 农业科学, 2017, 007(005):P.364-368.
•贺刚;廖衡斌;李文宇;朱旭东(通讯作者). 烟草品种和打顶时期对烟草赤星病发病情况的影响.农学学报，2017,7(12)：65-67.
•朱丹, 袁和珍, 朱旭东(通讯作者). 不同氮肥施用水平对'农香优676'农艺性状及产量的影响[J]. 中国农学通报, 2016, 32(33):1-5.
•朱子亮,周剑,朱旭东,等.育秧方式对‘农香优676’产量及农艺性状的影响[J].作物研究,2016,30(5):512-515.
•赵金成, 裘烨, 陈光辉,朱旭东(通讯作者). 水稻光温敏核不育系'亮S'异交特性研究[J]. 作物研究, 2016(5期):492-496.
•刘亮, 朱旭东(通讯作者), 周清明, et al. 栽插密度和基本苗对农香优676产量及农艺性状的影响[J]. 作物研究, 2016, 030(002):110-114.
•刘志辉，朱旭东(通讯作者). 叶绿素荧光分析技术在烟草研究中的应用[J]. 安徽农业科学, v.43;No.472(03):10-11.
•郑晓姣, 苏卓, 朱旭东(通讯作者). 隆回县农技推广现状及对策[J]. 作物研究, 2014(07):861-863.
•赵菊 朱旭东 罗红兵 张桂莲. 本科生农学实验技能竞赛的实践和启示. 科教导刊，2015， (1)：64-65.
•肖海兵, 朱旭东(通讯作者). 桂阳县现代烟草农业建设思考[J]. 作物研究, 2013, 27(0z1):81-83.
•赵菊, 朱旭东(通讯作者), 严钦泉. 杂交水稻功能叶片叶绿素SPAD值的杂种优势分析[J]. 作物研究, 2012, 26(002):103-110.
•赵菊，朱旭东(通讯作者)，严钦泉. 不同细胞质类型杂交水稻产量及农艺性状杂种优势分析[J]. 作物研究, 2011, 25(5):425-430.
•赵菊, 朱旭东(通讯作者), 严钦泉, 周清明, 崔国贤, 彭灵佳. 杂交水稻产量及农艺性状杂种优势分析. 中国农学通报, 2011,27(15), 26-33.
•朱旭东, 赵菊, 严钦泉，等. 不同细胞质类型杂交稻组合产量及相关性状配合力[J]. 湖南农业大学学报(自然科学版), 2009, 35(004):352-356.
•王学明, 朱旭东(通讯作者). 光降解除草膜在烤烟上的应用[J]. 作物研究, 2007, 021(002):122-123.
•朱旭东, 严钦泉, 周清明,等. 水稻CMS-WA恢复基因的遗传和分子标记定位研究进展[J]. 湖南农业大学学报:自然科学版, 2006(04):459-464.
•朱旭东，黄璜，赵菊，余培玉. 水稻无公害高效栽培技术，湖南科学技术出版社. 2010.6.
•王国槐,张振乾,肖钢,朱旭东. 农业现代化，湖南科学技术出版社. 2014.1.
